A região de intervenção da AdTMAD ocupa 15% do território nacional (continente), englobando os concelhos de Alfândega da Fé, Alijó, Armamar, Boticas, Bragança, Chaves, Freixo de Espada-à-Cinta, Lamego, Macedo de Cavaleiros, Mesão Frio, Mirandela, Mogadouro, Moimenta da Beira, Montalegre, Murça, Peso da Régua, Resende, Ribeira de Pena, Sabrosa, Santa Marta de Penaguião, São João da Pesqueira, Sernancelhe, Tabuaço, Tarouca, Torre de Moncorvo, Valpaços, Vila Flor, Vila Nova de Foz Côa, Vila Pouca de Aguiar, Vila Real e Vinhais.
Na região há uma grande diversidade de habitats naturais desde as vastas áreas montanhosas até aos vales de baixa altitude. Várias áreas naturais de importância nacional e regional estão neste território: o Parque Nacional da Peneda-Gerês que Trás-os-Montes partilha com o Minho; os Parques Naturais de Montesinho, do Douro Internacional e do Alvão; a Área de Paisagem Protegida da Albufeira do Azibo. Além destas áreas protegidas existem ainda diversas áreas classificadas como sítios de interesse para a conservação da Natureza, entre os quais estão os vales dos rios Maçãs e Sabor e as Serras de Bornes, Padrela, Larouro e Nogueira.Dois dos bens nacionais eleitos Património Mundial da UNESCO situam-se também na região de Trás-os-Montes e Alto Douro: a Paisagem do Alto Douro Vinhateiro (desde 2001) e as Gravuras Paleolíticas do Vale do Côa (desde 1998).
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